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應用全基因體關聯性分析探尋台灣土雞耐熱力相關遺傳標幟

為了解決e-tron 55 advanced的問題，作者莊子萱 這樣論述：

全球氣候暖化已對經濟動物生產造成衝擊，禽類體表散熱較哺乳動物不易，維持雞隻在熱緊迫下之生產力對提升亞熱帶與熱帶之家禽生產具有重要意義。本研究之目的為探討急性熱緊迫對公雞耐熱力相關性狀與繁殖力之影響，並應用全基因體關聯分析及生物資訊分析，尋找雄性台灣土雞隻耐熱力之遺傳標幟。研究分別使用200隻及192隻30週齡之肉用型B品系與蛋用型L2品系台灣土雞公雞進行38°C急性熱緊迫處理4小時，紀錄其急性熱緊迫前、急性熱緊迫0.5、1、2、3及4小時之直腸溫度，評估急性熱緊迫處理前與急性熱緊迫後第1天、第4天與第7天精液性狀；所有雞隻再依其急性熱緊迫期間之最高體溫與急性熱緊迫前之體溫差異分成敏感、中等與

抵抗等群，急性熱緊迫期間死亡雞隻則定為死亡組。雞隻急性熱緊迫前後皆採集血液供賀爾蒙分析及萃取DNA，並以Affymetrix 公司生產之雞600K單核苷酸多態型(SNPs)晶片進行基因型分析，採用費雪精確檢定進行關聯分析，具顯著關聯SNP之候選基因則再進行基因功能註解與路徑富集分析。結果顯示雞隻在急性熱緊迫期間之體溫均顯著高於急性熱緊迫前，精液性狀分析結果顯示兩品系台灣土雞公雞於急性熱緊迫處理後1天之精子活力、存活率及濃度均顯著下降；血漿賀爾蒙分析結果顯示兩品系台灣土雞公雞於急性熱緊迫後甲狀腺素與腎上腺素顯著下降，而皮質酮則顯著上升。在B品系台灣土雞之全基因體關聯分析，發現死亡組與存活組有分別

屬於8個候選基因的17個SNPs，敏感組與抵抗組共有分別屬於78個候選基因的352個 SNPs，中等組與敏感組有分別屬於63個候選基因的174個 SNPs之對偶基因頻率具有顯著的組間差異；此等候選基因主要與細胞凋亡、緊迫反應和訊息傳遞路徑有關。L2品系台灣土雞之全基因體關聯分析發現在死亡組與存活組有分別屬於23個候選基因的80個 SNPs，敏感組與抵抗組有分別屬於71個候選基因的440個SNPs，中等組與抵抗組有分別屬於25個候選基因的64個SNPs，中等組與敏感組有分別屬於78個候選基因的378個SNPs之對偶基因頻率具有顯著的組間差異；此等候選基因主要與細胞凋亡、緊迫反應、DNA修復和代謝

性氧化緊迫有關。進一步分析與氧化緊迫和離子通道路徑相關的11個候選基因之28個SNPs與台灣土雞急性熱緊迫後血漿腎上腺素、皮質酮與甲狀腺素及精液品質性狀之關係後發現，B品系台灣土雞與氧化緊迫相關候選基因(NDUFA8、DAB2IP)之5個SNPs對腎上腺素與皮質酮有顯著效應；離子通道相關候選基因(TRPC1、SLC9A9、TRPC7)之6個SNPs對皮質酮與甲狀腺素有顯著效應。L2品系台灣土雞與氧化緊迫(PSMA2、TPK1、MTF1)及離子通道相關候選基因(CUL1) 之15個SNPs對血漿皮質酮與甲狀腺素有顯著效應。此外， B品系台灣土雞 CUL3、TRPC1與SLC9A9等候選基因之6個

SNPs及L2品系台灣土雞MTF1之2 個SNPs對精子濃度有顯著效應。綜上所述，急性熱緊迫處理會影響台灣土雞公雞體溫、腎上腺素、皮質酮、甲狀腺素與精液性狀，全基因體關聯分析結果顯示細胞凋亡、緊迫反應、訊息傳遞、DNA修復和代謝性氧化緊迫相關基因之SNPs與耐熱力有關。不同氧化緊迫和離子通道相關基因之SNPs對公雞之血漿中腎上腺素、皮質酮與甲狀腺素及精子濃度有影響，此等SNPs可望作為台灣土雞耐熱力之生物標幟。