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國防醫學院 公共衛生學研究所 蘇遂龍所指導 王定廉的 利用 RNA 次代定序資料候選轉錄因子結合位點之基因多型性與退化性關節炎之關聯性研究 （2021），提出TT93 Pro PTT關鍵因素是什麼，來自於退化性關節炎、NF-κB、辨識序列、單核甘酸多型性、生物資訊學、台灣人體生物資料庫。
而第二篇論文國立中央大學 系統生物與生物資訊研究所 劉淑貞所指導 李柏儒的 含EBV病毒產物之外泌小體經由活化纖維母細胞重塑腫瘤微環境 （2021），提出因為有 EBV病毒、外泌小體、纖維母細胞、腫瘤微環境的重點而找出了 TT93 Pro PTT的解答。
利用 RNA 次代定序資料候選轉錄因子結合位點之基因多型性與退化性關節炎之關聯性研究
為了解決TT93 Pro PTT 的問題，作者王定廉 這樣論述：
研究背景：GWAS研究已被廣泛用於鑑定遺傳位點與疾病的相關性，但可能因為過於嚴格得統計檢定力（p < 5 × 10−8）導致可能具有功能性的位點被排除。而利用NGS資料庫候選轉錄因子結合位點則可避免具功能性的位點被排除。轉錄因子結合位點的變異會間接影響疾病，因此，找出轉錄因子結合位點將可為遺傳疾病的調控機轉提供新的視野。研究目的：利用TWB NGS資料庫找出台灣人特有NF-κB結合位點的變異與退化性關節炎風險之相關性。研究方法：本研究參考Fisch學者等人之RNA-seq研究，使用其中NF-κB為候選轉錄因子；並利用JASPAR權重矩陣，以A、T=30%，C、G=20%為切點，候選其辨識序列
，並自NCBI網站下載GRCh37-hg19之人體基因序列資料，將辨識序列與其進行比對，找出潛在的結合位點。運用生物資訊學blast mapping方法，將潛在的結合位點與台灣人體生物資料庫次世代定序（Next Generation Sequencing, NGS）資料進行比對，再與GEO資料庫中NF-κB ChIP-seq資料進行比對找出台灣人特有之轉錄因子結合位置的SNPs。先以台灣人體生物資料庫GWAS資料（n = 88,347），排除其他類型關節炎者，保留個案依據自填式問卷資料進行分組，病例組（n = 3,878）及對照組（n = 83,436）進行候選SNPs與OA之相關性研究；再以
105年至110年三軍總醫院健檢中心參與研究之個案（n = 1,167），排除無X光資料者，保留個案依據KL分級進行分組，病例組（n = 533）及對照組（n = 614）進行候選SNPs與OA之相關性研究。將具有顯著差異之SNPs利用GTEx-Portal資料庫查詢其功能表現。研究結果：本研究使用NF-κB為OA相關之候選轉錄因子，候選其辨識序列為5’-KGGRMTTYCCM-3’。經由GRCh37-hg19之人體基因序列資料比對，共有33,731個潛在的結合位點。將潛在的結合位點與台灣人體生物資料庫次世代定序（Next Generation Sequencing, NGS）資料進行比對，再
與GEO資料庫中NF-κB ChIP-seq資料進行比對，找出9個候選SNPs。經由TWB GWAS資料及本研究室病例對照研究發現，位於NF-κB結合位點 rs73164856的T對偶基因，在男性具有保護作用(OR=0.55，95%CI=0.33-0.91)，在嚴重退化性關節炎分組KL=3及KL=4中，其保護作用更為明顯(OR=0.16，95% CI=0.04-0.70)。位於NF-κB結合位點 rs545654在女性嚴重退化性關節炎分組中，T對偶基因罹病風險較高(OR=2.11，95% CI = 1.20 - 3.69 )。在GTEx功能性資料庫中，亦顯示rs73164856 T對偶基因會使
AKR1B15基因表現量降低(p= 0.00019)；rs545654 T對偶基因則將使血液中nNOS基因表現量升高(p=1.2e-17)。結論：透過本研究之新穎轉錄因子結合位點候選基因多型性策略所發現台灣人特有之致病基因位點，將為台灣人致病機轉及治療研究提供新的視野。
含EBV病毒產物之外泌小體經由活化纖維母細胞重塑腫瘤微環境
為了解決TT93 Pro PTT 的問題，作者李柏儒 這樣論述：
第三型鼻咽癌與EBV感染有密切關聯且此類型腫瘤組織常有大量免疫細胞浸潤。許多文獻已證實浸潤於鼻咽癌的免疫細胞與癌細胞的交互作用會影響病人預後。另一方面，腫瘤中的纖維化組織與較差的病人預後相關。然而，癌細胞與周邊纖維母細胞之間的相互作用機轉仍待深入探討。在本研究中，我們發現EBV+-鼻咽癌細胞所釋出的外泌小體含EBV潛伏膜蛋白-1(LMP1)及纖維化標誌分子FAP。此外泌小體可被周圍基質環境中的纖維母細胞吞噬，刺激纖維母細胞產生形態上的變化與收縮力的增強，並且活化纖維母細胞進而重塑微環境。轉錄體分析及經QPCR與ELISA驗證結果顯示鼻咽癌的外泌小體明顯影響與組織纖維化功能相關的基因群表現及
促發炎細胞激素(IL-6, IL-8, MCP-1)的釋放。此外，細胞實驗結果顯示外泌小體的刺激使纖維母細胞的標誌FAP與活化型YAP1蛋白及其調控的下游分子(CYR61, CTGF, IGFBP3)表現量上升。小鼠腫瘤異體移植實驗結果發現被外泌小體刺激的纖維母細胞會促進腫瘤生長與微環境纖維化。同時，在小鼠腫瘤組織切片染色結果顯示外泌小體刺激使活化型YAP1在間質纖維母細胞中表現量上升，且與FAP表現有正相關性r=0.7671, p=0.0001, Spearman correlation test)。於鼻咽癌病人切片染色結果亦顯示活化型YAP1與FAP的正相關性(r=0.3749,
p=0.0157, Spearman correlation test)。這意味著YAP1對調控外泌小體所引發的纖維母細胞活化扮演著重要的角色。使用YAP1的抑制劑Saracatinib 和Verteporfin於纖維母細胞可以有效降低因外泌小體的刺激而誘發的功能性變化，且可抑制纖維母細胞對癌細胞的促生長效應。綜合以上結果，本研究闡明腫瘤細胞藉由分泌外泌小體與纖維母細胞進行交互作用而導致腫瘤組織趨向一個有利於癌症進展的微環境，提供以YAP1抑制劑瓦解鼻咽腫瘤微環境而達到抑制癌細胞生長的理論基礎。