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應用16SrRNA寡核甘酸探針偵測淡水養殖池底泥微生物群相的異動

為了解決AVA 點 數 換算的問題，作者陳立民 這樣論述：

應用16S rRNA寡核甘酸做探針之非培養基（Non-culturable）方法，用以檢測極端環境之微生物，已經是近年來日趨成熟之分生科技。傳統上養殖池底泥之菌相變化，依靠培養基上能夠篩選的菌落做微生物鑑定，以調查底泥之菌相生態分佈。若能利用16S rRNA寡核甘酸特定片段做探針，雜合未知的核甘酸，便可以鑑定菌種的存在與否。此法將對養殖池底泥的微生物生態探索產生重大的影響。 為了比較該分生科技是否可行且較傳統方法為優，先以水中常在菌嗜水性產氣單胞菌（Aeromonas hydrophila）為指標作比較，結果顯示以DAPI染色呈現之生物總量（Biomass）為傳統培養法所

得總數的一萬倍，其中以16S rRNA寡核甘酸做探針，檢測換算嗜水性產氣單胞桿菌菌量總數仍較傳統培養法所得總數更為靈敏，顯見該分生科技不僅優於傳統培養法，且敏感度更佳。由於養殖池底泥環境會隨著養殖生物排泄物的累積、殘餌的發酵等改變，微生物菌相因與該環境之互動而產生菌群變動至為明顯，特別在水中溶氧高低，會影響厭氧（anaerobic）菌群與嗜氧（aerobic）菌群的消長。由過去之研究中已發現，養殖池底泥之老化(氧化態轉變成還原態)，底泥中棲息之微生物也應反映此一生態趨勢。古細菌群（Archaea）、硫酸還原菌群（Sulfate-reducing bacteria）及硝酸還原菌(Nitrate-

reducing bacteria)為各種環境底泥中常見之厭氧菌，當以此菌群之消長做指標，也應反映出環境生態趨勢的改變。我們追蹤一新放養鯉魚的淡水養殖池一年，古細菌群由前三個月佔不到總菌量的10 ％，到後八個月激增到總菌量的25 ％上下；硫酸還原菌群由前三個月佔不到總菌量的5％，到後八個月激增到總菌量的20 ％；硝酸還原菌由前三個月佔不到總菌量的1 ％，到後八個月增加到總菌量的7 ％。檢測水中的溶氧量、pH值、水溫及氧化還原電位（Eh）仍在養殖池魚適應的正常值內，但底泥菌相早已更敏銳地反映外在環境的變化，此點顯示利用分生科技檢測養殖池底泥菌群之消長做生態指標，要較水質分析來的敏銳！