『 刺客教條 』遊戲劇情主要圍繞兩個敵對的古老秘密組織，
分別是刺客及聖殿騎士團，並間接牽連一個被太陽閃焰摧毀的古代史前文明。
遊戲背景設於主角戴斯蒙邁爾斯是一個具有數個頂尖刺客血統的酒保，
自幼接受現代刺客訓練但選擇離開家園尋求自由，
終被現代聖殿騎士團跨國製藥公司綁架。
迫使戴斯蒙使用基因記憶追溯機器進入刺客祖先記憶，
進而獲取該史前文明的遺物『 伊甸碎片 』的所在地點。
伊甸碎片擁有龐大的力量，能控制人類心智及做出多種超自然效果。
戴斯蒙在一名臥底刺客協助下逃走並加入現代刺客組織，
轉而使用刺客一方的繼續尋找其他碎片，
也因長期進入祖先記憶而觸發了『 出血效應 』，擁有了刺客祖先的技能。
戴斯蒙體驗了三名刺客祖先的記憶，分別是阿泰爾伊本拉哈德、
一名在第三次十字軍東征期間違背了三大刺客教條並試圖贖罪的刺客；
埃齊奧奧迪托雷，在文藝復興時期並因家人被捲進政治陰謀而作出復仇的
義大利刺客；拉頓哈給頓，在美國獨立戰爭期間為保護族人的英印混血刺客。
在經歷過一連串事件之後，戴斯蒙獲悉預言真正意涵摧毀史前文明災難將會重演，
其記憶將成為解救世界的關鍵。
在探索的過程中，戴斯蒙常被三個古代文明的統治者以全息影像的方式協助，
分別是朱比特、密涅瓦、以及朱諾。
在戴斯蒙為保護地球犧牲後，以雲端運算保存了其基因，
同時雇用了研究員透過繼續搜尋其祖先記憶，當中一人是活躍於海盜黃金時代、
拉頓哈給頓祖父之刺客祖先愛德華肯威。
三代以後故事時間軸三代的故事時間軸，在叛變以及大革命出來之後，
我們可以知道，其實其時間軸是叛變為優先，
再來才是三代和自由使命以及大革命，三個故事時間軸都是於叛變之後；
而四代黑旗，由其時代以及出現人物可知，是在叛變之前。

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