緊接前作『刺客教條 IV：黑旗』跨國製藥公司 ABSTERGO（現代聖殿騎士團）
旗下部門開發了名為『HELIX』之雲端軟體，
讓使用者能不需要藉助基因記憶追溯機器『ANIMUS』而能直接進入前人之記憶。
作為一名『HELIX』使用者之一的玩家進入聖殿騎士團
最後一任大團長兼『聖者』雅克德莫萊的一段記憶。
刺客組織襲擊聖殿騎士團位於法國聖殿塔的總部，
莫萊託部下到地下密室藏好其管有之人類以前『第一文明』
遺物『伊甸之劍』和一部法典後被捕和處死。
此時現代刺客組織接觸玩家，表示欲重組第一文明基因組從而實行
一項目的不明的『鳳凰計畫』因此侵占了玩家神經細胞搜尋基因記憶資料，
尋找古今擁有大量第一文明成員基因的聖者。
為阻止聖殿騎士團現代刺客希望玩家能加入組織並搶先進入活躍於世紀末
法國大革命時期、曾接觸一名聖人之刺客亞諾維克特多里安的記憶。
八歲之亞諾跟隨刺客父親查爾斯多里安前往凡爾賽宮，
等待父親時初遇法國聖殿騎士大團長弗朗索瓦德拉瑟爾獨生女艾莉絲德拉瑟爾。
二人玩耍期間查爾斯被殺詳看『刺客教條：叛變』弗朗索瓦基於對查爾斯的
敬重而把亞諾收為義子加以養育。
常惹上麻煩的亞諾與艾莉絲成為戀人。
德拉瑟爾前往凡爾賽宮出席為艾莉絲舉行的宴會，
一名送信人未能把一重要信件及時交給德拉瑟爾，
亞諾請纓送信並但因被仇家襲擊而逃回德拉瑟爾宅第，
把信件塞進德拉瑟爾辦公室地板後潛進皇宮與艾莉絲會面，
離開時目擊德拉瑟爾被二人殺害並被誣陷為兇手，隨即被捕帶至巴士底監獄。
亞諾於獄中認識了父親的摯友兼刺客大師皮爾貝雷克從而了解父親真正身份，
二人於兩個月後之攻佔巴士底獄事件中逃出監獄。
及後亞諾找到了艾莉絲但被要求離開,兩人關係破裂；
艾莉絲指出該信件本可警告德拉瑟爾聖殿騎士團內有人密謀把他殺害
但最終沒有被收到。深感內疚的亞諾遂投靠刺客組織，為贖罪宣誓成為刺客。
亞諾分別刺殺了殺害德拉瑟爾的兩名兇手，其間認識了薩德侯爵及
救出被新任聖殿騎士團大團長劫持的銀匠弗朗索瓦湯馬斯傑曼。
亞諾在刺殺了大團長後始發現他是對德拉瑟爾發出信件以作警告之人；
傑曼是下達殺害命令的人亦是刺客組織提及的聖者。
亞諾為保護艾莉絲而把她帶至刺客組織基地請求協助，
有意與聖殿騎士團求和的刺客組織首領奧諾雷米拉波認為提供協助將使
未來聖殿騎士團欠下巨大人情，但深信雙方無法共存之貝雷克認為
此乃通敵行為而下毒殺害了米拉波，
亞諾拒絕與他聯手後與他進行戰鬥並把他殺死。
巴黎公社攻佔杜樂麗宮，亞諾奉命潛進杜樂麗宮銷毀米拉波與
路易十六之間密件，於國王房間首遇搜尋第一文明遺物『伊甸碎片』的
拿破崙波拿巴。同時傑曼欲引發對國王的革命，
因此指派了部下分別策動九月大屠殺、
扣押糧食以營造法國貴族無視平民困境的景象、以及投票支援處決路易十六，
亞諾與艾莉絲分別行動並刺殺了相關人士。
路易十六在協和廣場被公開處決，亞諾為拯救被傑曼手下包圍的艾莉絲
而錯失殺害傑曼的機會，刺客組織獲悉此事後認為亞諾多次違抗命令
擅自行動而把他驅逐。陷入低谷的亞諾回到德拉瑟爾宅第買醉數月，
被艾莉絲告知巴黎於雅各賓專政中四分五裂才重新振作，
於同年回到巴黎刺殺另一名聖殿騎士並得知雅各賓派首領
馬克西米連羅伯斯庇爾仍受傑曼之命拖延革命。
亞諾與艾莉絲於戰神廣場設計使羅伯斯庇爾名譽受損，
並趕及在後者被國民公會拘捕前使他供出傑曼所在地。
二人翌日前往聖殿塔刺殺傑曼，取得『伊甸之劍』的傑曼
在地下密室與二人展開戰鬥，艾莉絲單獨與傑曼交鋒期間
寶劍力量被激發引起爆炸，導致艾莉絲被殺而傑曼受重創，
亞諾隨即將之刺殺並把艾莉絲屍首帶走葬在德拉瑟爾家族墓園。
管有伊甸之劍並晉身為刺客大師的的亞諾與成為法國皇帝的拿破崙
回到聖殿塔地下密室，把傑曼的遺骸藏在巴黎地下墓穴中。

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